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A atividade laboratorial do INIAV está organizada em oito grandes sectores:
Para além do apoio à investigação aplicada e a projetos científicos, o sector laboratorial está vocacionado para a prestação de serviços, com diversos ensaios certificados ou acreditados pelas competentes instâncias nacionais e internacionais. A garantia de qualidade dos resultados analíticos obtidos nas diversas áreas do setor e a satisfação dos clientes são prioridades assumidas, fruto da elevada dedicação dos técnicos desta extensa equipa. Atualmente os laboratórios encontram-se localizados nos seguintes polos:
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