As atividades de investigação, desenvolvimento, experimentação e inovação em curso no INIAV, desenvolvidas nas Unidades de Investigação, estão divididas nas seguintes Unidades de Investigação (organizadas no seio do Conselho Científico):

• Ciência e Tecnologia dos Alimentos
• Florestal
• Melhoramento de Plantas
• Patologia e Microbiologia Animal
• Produção Animal
• Sistemas Agrários: Produção e Sustentabilidade
• Viticultura e Enologia