A Unidade de Produção de Bovinos de Carne, é situada no Mouchão do Esfola Vacas, com uma área total de cerca de 250 hectares, dos quais cerca de 225 são explorados diretamente pelo INIAV. Esta unidade é constituída por várias vacas da raça Alentejana e os touros da mesma raça, inscritos como reprodutores no Livro Genealógico, provenientes de criadores pertencentes à Associação de Criadores de Bovinos da Raça Alentejana (ACBRA).

Esta unidade tem colaborado no Programa de Melhoramento Genético da Raça Bovina Alentejana e tem como objetivo a produção vitelos que são utilizados em experimentação, ou vendidos depois do desmame aos 7-8 meses, para unidades comerciais de recria/acabamento. As fêmeas são utilizadas para reposição ou mantidas em pastoreio com as mães até atingirem um peso próximo de 300 kg, sendo nessa altura transportadas para a Quinta da Fonte Boa, onde são submetidas a um período de acabamento em estabulação e abatidas no matadouro experimental, com pesos vivos próximos de 350 kg.

A base da alimentação da vacada (durante cerca de 8 meses por ano) é uma área de pastagem com 36 hectares, onde foi instalada uma pastagem permanente sob um pivot. Os animais dispõem ainda de uma área de restolhos de milho que utilizam no período de outono, depois da colheita, podendo permanecer em 2 parques auxiliares, que são utilizados no período de inverno para a distribuição de forragens. Estas são produzidas na pastagem de regadio, diferindo uma ou mais parcelas na primavera ou no outono para a produção de fenosilagem. Esta forragem de alta qualidade é também utilizada no efetivo de bovinos e ovinos leiteiros da Quinta da Fonte Boa.

Como atividade complementar à vacada de multiplicação do Mouchão do Esfola Vacas, existem instalações na Quinta da Fonte Boa que permitem fazer a recria/acabamento e o acabamento dos vitelos em condições controladas de alimentação:

• Uma unidade experimental com 8 parques e uma capacidade total para 64 bovinos.
• Uma unidade de recria/acabamento com 12 parques, com capacidade total para 600 bovinos adultos.
• Uma unidade experimental com 10 parques com capacidade total para 60 vitelos.

Em protocolo estabelecido em 2014, entre o INIAV e FPAS, houve o compromisso de implementar e manter um núcleo de conservação de suínos de raça Malhado de Alcobaça no Polo de Inovação da Fonte Boa, com vista à preservação da raça, ao desenvolvimento de trabalhos científicos nas áreas da produção, reprodução, genética e melhoramento, qualidade da carne e seus produtos derivados, assim como à futura promoção da mesma junto da suinicultura nacional. Foi acordada a manutenção de um núcleo de até 50 fêmeas Malhado de Alcobaça (fornecido pela FPAS) nas suas instalações suinícolas, para a produção de animais devidamente registados e controlados pelo Livro Genealógico da Raça.

Entre as raças mais utilizadas na avicultura familiar destacam-se as 4 autóctones (Pedrês Portuguesa, Preta Lusitânica, Amarela e Branca), caracterizadas pela sua rusticidade, resistência a doenças e condições adversas de clima e alimentação em que são produzidas.

Em 2012, o INIAV constituiu um efetivo base das 4 raças galináceas nacionais na Fonte Boa, tendo em conta as instalações e a parceria com a associação responsável pelos registos zootécnicos das raças autóctones (AMIBA). Este núcleo foi criado de forma a constituir um efetivo base de estudo, conservação e melhoramento, de acordo com os respetivos programas de conservação/melhoramento genético.

Dentro das suas responsabilidades de investigação e desenvolvimento experimental nos vários domínios da produção animal, a Fonte Boa tem por objetivo a investigação, preservação, melhoramento e divulgação destas 4 raças, pretendendo com este núcleo, contribuir para a conservação do património genético animal e utilização sustentável dos recursos genéticos animais de Portugal. Este núcleo pode fornecer animais a criadores particulares.