O Instituto Nacional de Investigação Agrária (INIA) foi criado em 1974 por integração dos organismos de investigação e experimentação do Ministério da Agricultura: Estação Agronómica Nacional (EAN), Estação Zootécnica Nacional (EZN) e Estação de Melhoramento de Plantas (ENMP), Centro de Investigações Florestais, Centro Nacional de Estudos Vitivinícolas, Estação de Estudos de Tecnologia Animal (EETA), Estação de Olivicultura, Estação de Culturas Regadas, Estação de Orizicultura, Núcleo de Melhoramento do Milho da Estação Agrária de Braga, Posto Experimental da Fataca e Centro de Experimentação de Monte dos Alhos.
Em 1979 passaram a constituir Serviços Operativos do Instituto, para além da EAN, da EZN e da ENMP, a Estação Florestal Nacional (EFN) e a Estação Vitivinícola Nacional (EVN), a Estação Nacional de Tecnologia de Produtos Agrários (ENTPA), o Departamento de Fruticultura, o Departamento de Regadio, o Departamento de Estudos de Economia e Sociologia Agrárias e o Departamento de Horticultura e Floricultura e os Centros Regionais de Investigação e Desenvolvimento existentes em cada uma das Regiões Agrárias.
Em 1981 foi criada a Estação Nacional de Fruticultura de Vieira Natividade (ENFVN), por transferência para o Departamento de Fruticultura das atividades de investigação e desenvolvimento experimental no domínio da fruticultura cometidas ao Centro Nacional de Estudos e Fomento da Fruticultura.
Em 1983 é integrado o Laboratório Químico Agrícola Rebelo da Silva (LQARS) e o INIA passa a contemplar as competências no âmbito da extensão rural, sendo designado por Instituto Nacional de Investigação Agrária e Extensão Rural (INIAER).
Em 1986 o INIAER liberta as atividades relacionadas com a extensão rural, voltando a INIA.
Em 2002, o INIA e o Instituto de Investigação das Pescas e do Mar (IPIMAR), através de um processo de fusão, passam, a integrar o Instituto Nacional de Investigação Agrária e das Pescas (INIAP).
Em 2006 é criado o Instituto Nacional de Recursos Biológicos (INRB, I.P.), em resultado da fusão do INIAP com o Laboratório Nacional de Investigação Veterinária (LNIV), da integração das atribuições, no domínio da investigação, da Direção Geral de Proteção de Culturas (DGPC) e da integração do Banco Português de Germoplasma Vegetal.
Em 2012 é criado o Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (INIAV I.P.) que fica com as atribuições relacionadas com a investigação agrária e veterinária do INRB.
