PARADISE - PARAsite Detection, ISolation and Evaluation

Objetivos:

• Utilização da NGS para sequenciar novos genomas de Cryptosporidium e Giardia, fornecendo assim um conjunto de dados informativos de variabilidade a nível europeu.
• Desenvolver metodologias de tipagem multi-locus para deteção e caracterização de genótipos/subtipos de Cryptosporidium e Giardia.
• Avaliar o desempenho das novas metodologias através de estudos multicêntricos;
• Use a metagenómica como uma abordagem para a deteção de protozoários e helmintas de origem alimentar em diferentes matrizes;
• Desenvolver estratégias não baseadas em NGS para melhorar a sensibilidade da deteção, fornecendo métodos mais baratos aplicáveis às matrizes alimentares, incluindo o enriquecimento seletivo de parasitas antes da extração de DNA (aptâmeros e nanocorpos) e de amostras de DNA;

Atividades:

• WP1 - Coordenação e Gestão do Projeto
• WP2 - Metagenómica e genómica baseada em NGS
• WP3 - Desenho, implementação e validação de esquemas de tipificação
• WP4 - Estratégias de enriquecimento

Resultados:

• Sequenciação de novos genomas de Cryptosporidium e Giardia;
• Desenvolvimento de novos esquemas de tipagem;
• Desenvolvimento de esquemas de proficiência multicêntricos para avaliação dos esquemas de tipagem;
• Deteção de protozoários e helmintas em matrizes alimentares utilizando metagenómica;
• Desenvolvimento de técnicas de enriquecimento de parasitas e DNA de parasitas em matrizes alimentares;